Avocat et militant libéral, Jean Allaire a signé le rapport Un Québec libre de ses choix : Rapport du Comité constitutionnel du Parti libéral du Québec au lendemain de l'échec de l'accord du lac Meech.

Le rapport réclamait une nouvelle répartition des pouvoirs pour accroître les compétences du Québec aux dépens d'Ottawa, une nouvelle structure politique canadienne qui renforcerait l'union économique canadienne tout en accordant l’autonomie politique à l'État québécois et recommandait également la tenue au Québec, avant la fin de l'automne de 1992, d'un référendum portant soit sur une proposition de réforme Québec-Canada, soit sur l'accession du Québec à la souveraineté.

À la suite du rejet du rapport par le Parti libéral du Québec, Jean Allaire et d'autres militants libéraux, comme Mario Dumont, quitte cette formation politique afin de fonder l'Action démocratique du Québec (ADQ) en 1994.

Premier chef de l'ADQ, Jean Allaire doit laisser son poste à Mario Dumont quelques mois plus tard en raison de problèmes de santé, mais il continue de militer au sein de l'ADQ jusqu'en 2008.

En octobre 2009, Jean Allaire signe le rapport final du Groupe Avenir Québec qui devient plus tard, en 2011, la Coalition avenir Québec (CAQ). En 2012, il fait campagne à l'intérieur de l'ADQ afin de faire approuver la fusion avec la CAQ.